Tras la progresiva retirada de las glaciaciones, se incrementaron los pastizales y las diversas poblaciones indígenas fueron concentrándose empujadas por el proceso de desertización del Sáhara. Existían diversas culturas indígenas identificables por sus diferentes utensilios, objetos cerámicos y ritos funerarios.
El período neolítico, que comenzó en Canaán hacia el 9.000 a. C., llegó a Egipto sobre el año 5.000 a. C. Las crecidas del río Nilo como consecuencia de las lluvias en sus fuentes y las torrenteras de arcilla procedentes de Etiopía dieron lugar a ricas y fértiles tierras de limo.
Se conviene que hacia el 4.000 - 3.500 a. C. existió una unificación del territorio a través de las previas comunidades locales, los nomos: el Bajo Egipto, cuyas principales ciudades eran Buto y Sais, y el Alto Egipto, con capital en Hieracómpolis, adoptando como principal divinidad a Horus. Conquistado el delta del Nilo hacia el 3.000 a. C., Menes, procedente de Tinis, será considerado por los epígonos de Manetón el fundador de la primera dinastía faraónica.
Periodo | Época (+ 100 años) | Fase | Cultura |
Paleolítico egipcio | Antes de 8000 a. C. |
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Epipaleolítico egipcio | c. 8000 - 5200 a. C. | Fayum B, Nabta Playa |
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| c. 5000 - 4100 a. C. | Merimde |
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| c. 4600 - 4400 a. C. | Omari |
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| c. 4400 - 4000 a. C. | Badari |
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| c. 4000 - 3300 a. C. | Madi |
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Predinástico Alto | c. 4000 - 3500 a. C. | Fayum, Merimde, Badariense |
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| c. 4000 - 3500 a. C. | Amratiense | Naqada Ia - Ib |
Predinástico Medio | c. 3500 - 3400 a. C. | Gerzense Alto | Naqada Ic - IIa - IIb |
Predinástico Bajo | c. 3500 - 3400 a. C. | Gerzense Medio | Naqada IIc |
| c. 3400 - 3300 a. C. | Gerzense Bajo | Naqada IId1 - IId2 |
Protodinástico | c. 3300 - 3050 a. C. | Semaniense | Naqada IIIa1 - IIIc1 |
Periodo Arcaico | c. 3050 - 2890 a. C. |
| Naqada III |
Naqada fue la primera ciudad-estado o confederación regional que ejerció la hegemonía desde ca. 3500 a 3300 a. C., al inicio del periodo Naqada II (estadios Naqada IIa y IIb), hegemonía que después pasó a Nejen (Hieracómpolis) (estadios Naqada IIc y IId).
La formación de entidades políticas comenzó en Nagada I. Nagada y otras ciudades evolucionaron hacia poderes locales que fueron los primeros organizados de Egipto. Quizás la necesidad de colaboración en la explotación agrícola y la importación de materiales, hizo necesaria la aparición de líderes. Se estima que acaeció una evolución similar, por la misma época, en la cultura Maadi-Buto, en la zona del delta del Nilo.
La característica más destacada de la cultura de Maadi es el conocimiento de la metalurgia y el uso del cobre, pues sus habitantes controlaban el intenso comercio entre el Valle del Nilo y la península del Sinaí. Baumgartel sugiere: "La floreciente industria del cobre, originada por la primera explotación de las minas del Sinaí, bien podría haber sido la razón de la existencia de Maadi". Según Rizkana y Seeher: "fue una cultura de una marcada especialización artesanal enfocada a una actividad comercial". En Maadi se domestican los primeros burros, que pudieron ser los que transportaron las vasijas con aceite o grasa desde el sur de Canaán al Egipto prehistórico (Hoffman).
En este periodo se establecieron verdaderas ciudades Estado, si bien algunos lugares conservaron su independencia como entidades políticas menores. De las excavaciones, los expertos deducen que Nubt (Naqada) fue sobrepasada en poder por Hieracómpolis. El mito dinástico de la lucha entre los dioses Seth (que fue el dios de Naqada) y Horus (el dios de Hieracómpolis) podría indicar este hecho. El proceso parece que fue general y las comunidades más ricas y poderosas se impusieron, por voluntad o por conquista, a las pequeñas. Las causas más probables, a veces una mezcla de estas, podrían ser la actividad militar, las migraciones de población desde el desierto oriental, las nuevas rutas de intercambio comercial con Asia, el compartir recursos, los matrimonios entre familias dirigentes y otros. No se descarta que algunos estados menores de hecho continuaran existiendo, pero dependientes de un estado mayor, y que fuesen el origen de los futuros nomos.
Se subdivide en cuatro estadios: Naqada IIIa 3300-3250 a. C., Naqada IIIb 3250-3200 a. C., Naqada IIIc 3200-3150 a. C. y Naqada IIId 3150-3050 a. C., estos últimos coetáneos con el periodo protodinástico de Egipto. En este último período comenzó el proceso de formación del estado unificado, puede que ya iniciado en el Naqada II. Los reyes de este período se han agrupado a efectos cronológicos en la denominada dinastía 0. De Nejen la hegemonía pasó a Tinis (Abidos) pero se mantuvieron los estados locales o regionales, posible origen de los futuros 42 nomos (16 nomos del Alto Egipto y 10 del Bajo Egipto son anteriores a la tercera dinastía).
